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Sobre o projeto
O presente estudo tem como objetivo a caracterização fenotípica e genotípica de bactérias de colonização e infecção de pacientes sob ventilação mecânica, infectados pelo vírus SARS-CoV-2, com a intenção de elucidar os principais mecanismos de contaminação e complicações que possam ocorrer nestes pacientes infectados. Serão coletados swabs nasais e do entorno dos tubos do respirador mecânico de pacientes após a internação no Hospital Universitário Antônio Pedro e testes para a determinação do perfil de resistência aos antimicrobianos e caracterização clonal destas bactérias.
O Projeto é executado por meio de uma metodologia para sequenciamento das bactérias pelo sequenciador miniaturizado MinION, que servirá para o mapeamento completo dos microrganismos que compartilham o mesmo micro-habitat com SARSCov-2, fornecendo subsídios para estudos mais completos sobre coinfecções e infecções secundárias. Pretende-se com este estudo, propor a adoção de políticas públicas efetivas na prevenção e controle de doenças, por métodos adequados em situações de risco imediato a saúde da população. Esta iniciativa também incluirá a criação de laboratório na UFF em parceria com o Prof. Craig Stephens da Universidade de Santa Clara, na Califórnia, que faça uso de abordagens genômica para estudos de microrganismos patogênicos de interesse na saúde pública.
O que foi feito até aqui
Entre abril de 2020 a maio de 2021, um total de 3500 amostras foram coletadas de pacientes admitidos nas Hospital Universitário Antônio Pedro (HUAP), como procedimento de rotina durante toda a pandemia, todo paciente ao realizar qualquer procedimento no HUAP era triado para a presença do SARS-CoV-2.
Desta forma, um total de 597 amostras já foram identificadas e estão em fase final de análise, o que já permite ter acesso a um percentual prévio do perfil de resistência fenotípico. Dados de 160 amostras que foram previamente selecionadas para a realização do sequenciamento de genoma completo, já estão sendo analisados na plataforma CABGen. Com isso já foi possível visualizar o perfil clonal das amostras bacterianas encontradas até o momento.
Ao longo da execução do Projeto foram realizadas coleta de swabs nasais, isolamento e processamento de amostras bacterianas, análise do sangue dos pacientes para associar os marcadores, além de identificação fenotípica e genotípica das bactérias. Foram realizados, ainda, teste de difusão em ágar e de suscetibilidade automatizado, determinação da Concentração inibitória mínima para bactérias Gram-positivas, determinação da força de formação do biofilme de bactérias Gram-positivas e Gram-negativas, determinação da concentração inibitória mínima para bactérias Gram-negativas ( polimixina B e meropenem), teste de inativação de carbapenem, extração de DNA e PCR, PFGE e MLST e Sequenciamento.
Ao final do sequenciamento todas as amostras foram carregadas na plataforma CABGen (https://aureus.procc.fiocruz.br/index.html), onde os genomas serão montados e dados referentes ao seu perfil epidemiológico, virulência e resistência será analisado.
Próximos Passos
- Completar as análises quanto à formação de biofilme bacteriano;
- Realizar a análise das amostras do sangue dos participantes;
- Identificação genotípica para detecção dos genes de resistência e
- Padronizar o perfil clonal entre as amostras através do sequenciamento dos genomas das bactérias. Também foram sequenciadas amostras do vírus SARS-CoV-2 em fase de preparação para publicação.
FICHA TÉCNICA
Secretaria Responsável: Secretaria Municipal de Saúde – SMS
Duração: 24 meses
Valor do projeto: R$ 387.460,84
Departamento UFF: Hospital Universitário Antônio Pedro
Coordenador: Fabio Aguiar Alves
Público – alvo: População, em geral, atendida no HUAP
Onde atua geograficamente: Hospital Universitário Antônio Pedro – UFF, localizado na Rua Marquês de Paraná, 303. Centro, Niterói, bem como no Laboratório Universitário Rodolpho Albino – Faculdade de Farmácia/UFF, localizado na Rua Dr. Mário Viana, 523. Santa Rosa, Niterói – RJ.
Equipe Envolvida: Equipe composta por 11 pessoas, dentre as quais 1 Coordenador; 1 Vice coordenador; 2 Professores; 2 Pós-doutorandas; 2 Doutorandos; 1 Farmacêutica e 2 Graduandas.
Parcerias realizadas: Unidade de Pesquisa Clínica do Hospital Universitário Antônio Pedro.
Com a implementação do Centro de Genômica, em parceria com a Unidade de Pesquisa Clínica do Hospital Universitário Antônio Pedro, será possível fazer o sequenciamento dos microrganismos circulantes em Niterói no leito do paciente para agilizar o diagnóstico e o tratamento.
Coordenador Fabio Aguiar Alves
É esperado, como fruto da parceria, que a Universidade seja contemplada com a aquisição de materiais e equipamentos que poderão favorecer a essa e outras futuras pesquisas. A avaliação acerca desta parceria é positiva, visto que os objetivos e resultados almejados podem contribuir para práticas profissionais mais seguras em saúde.
Gerente Maria Angélica Duarte Silva
Políticas Intersetoriais que dialogam com o projeto:
ODS: 3 – saúde e bem-estar.
Objetivo PPA 2022-2025 relacionado: Fortalecer ações de combate aos efeitos negativos gerados pela pandemia da COVID-19 na área de saúde do Município.
NQQ: O projeto se enquadra na área de resultado “Saudável”, na Linha Geral “Saúde Coletiva: Epidemiologia”, a qual é composta por Projetos voltados para promoção da saúde, prevenção e controle de doenças por meio de estudos com abordagem epidemiológica, tendo em vista que a pesquisa irá fornecer subsídios para estudos mais completos sobre coinfecções e infecções secundárias e a partir de então, propor a adoção de políticas públicas efetivas na prevenção e controle de doenças, por métodos adequados em situações de risco imediato a saúde da população.
Política Pública: O Projeto dialoga com diversas políticas da SMS, tal como as de Atenção Primária, de Assistência Hospitalar, Assistência Farmacêutica e Vigilância à Saúde, uma vez que os resultados esperados incluem a identificação do perfil de resistência bacteriana aos antibióticos em pacientes infectados por SARS-Cov-2. No quesito políticas públicas voltadas para o combate do COVID-19, Niterói teve um lugar de destaque. Seja na frente de Saúde, de Isolamento Social e de Mitigação dos efeitos sociais e econômicos, o município reuniu diversas medidas para reduzir os impactos negativos do COVID-19 na cidade. Programa Renda Básica, Fundo Emergencial de Crédito, Empresa Cidadã, Auxílio aos Microempresários Individuais, Programa Busca Ativa, Boletins Epidemiológicos, Painel COVID-19 são algumas de muitas ações tomadas pela PMN na luta contra o vírus. Dessa forma, o projeto, ao pesquisar sobre bactérias de colonização e infecção de pacientes sob ventilação mecânica infectados pelo vírus SARS-CoV-2, com a intenção de elucidar os principais mecanismos de contaminação e complicações que possam ocorrer nestes pacientes infectados, agiu diretamente na amenização das complicações geradas pelo COVID-19.
GESTÃO DO CONHECIMENTO
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