Caracterização fenotípica e genotípica de bactérias do grupo ESKAPE provenientes de pacientes infectados pelo vírus SARS-CoV-2 admitidos no Hospital Universitário Antônio Pedro e implementação estrutura de análise genômica como legado para a Universidade Federal Fluminense e o município de Niterói

Sobre o projeto

O presente estudo tem como objetivo a caracterização fenotípica e genotípica de bactérias de colonização e infecção de pacientes sob ventilação mecânica, infectados pelo vírus SARS-CoV-2, com a intenção de elucidar os principais mecanismos de contaminação e complicações que possam ocorrer nestes pacientes infectados. Serão coletados swabs nasais e do entorno dos tubos do respirador mecânico de pacientes após a internação no Hospital Universitário Antônio Pedro e testes para a determinação do perfil de resistência aos antimicrobianos e caracterização clonal destas bactérias.

O Projeto é executado por meio de uma metodologia para sequenciamento das bactérias pelo sequenciador miniaturizado MinION, que servirá para o mapeamento completo dos microrganismos que compartilham o mesmo micro-habitat com SARSCov-2, fornecendo subsídios para estudos mais completos sobre coinfecções e infecções secundárias. Pretende-se com este estudo, propor a adoção de políticas públicas efetivas na prevenção e controle de doenças, por métodos adequados em situações de risco imediato a saúde da população. Esta iniciativa também incluirá a criação de laboratório na UFF em parceria com o Prof. Craig Stephens da Universidade de Santa Clara, na Califórnia, que faça uso de abordagens genômica para estudos de microrganismos patogênicos de interesse na saúde pública.

O que foi feito até aqui

Entre abril de 2020 a maio de 2021, um total de 3500 amostras foram coletadas de pacientes admitidos nas Hospital Universitário Antônio Pedro (HUAP), como procedimento de rotina durante toda a pandemia, todo paciente ao realizar qualquer procedimento no HUAP era triado para a presença do SARS-CoV-2.

Desta forma, um total de 597 amostras já foram identificadas e estão em fase final de análise, o que já permite ter acesso a um percentual prévio do perfil de resistência fenotípico. Dados de 160 amostras que foram previamente selecionadas para a realização do sequenciamento de genoma completo, já estão sendo analisados na plataforma CABGen. Com isso já foi possível visualizar o perfil clonal das amostras bacterianas encontradas até o momento.

Ao longo da execução do Projeto foram realizadas coleta de swabs nasais, isolamento e processamento de amostras bacterianas, análise do sangue dos pacientes para associar os marcadores, além de identificação fenotípica e genotípica das bactérias. Foram realizados, ainda, teste de difusão em ágar e de suscetibilidade automatizado, determinação da Concentração inibitória mínima para bactérias Gram-positivas, determinação da força de formação do biofilme de bactérias Gram-positivas e Gram-negativas, determinação da concentração inibitória mínima para bactérias Gram-negativas ( polimixina B e meropenem), teste de inativação de carbapenem, extração de DNA e PCR, PFGE e MLST e Sequenciamento.

Ao final do sequenciamento todas as amostras foram carregadas na plataforma CABGen (https://aureus.procc.fiocruz.br/index.html), onde os genomas serão montados e dados referentes ao seu perfil epidemiológico, virulência e resistência será analisado.

Próximos Passos

• Completar as análises quanto à formação de biofilme bacteriano;
• Realizar a análise das amostras do sangue dos participantes;
• Identificação genotípica para detecção dos genes de resistência e
• Padronizar o perfil clonal entre as amostras através do sequenciamento dos genomas das bactérias. Também foram sequenciadas amostras do vírus SARS-CoV-2 em fase de preparação para publicação.